SMK Negeri 1  Muara Badak berdiri sejak Tahun 2010 berdasarkan Surat Keputusan Bupati Kutai Kartanegara Nomor : 766/SK-Bup/HK/2010 tentang Penetapan SMK Negeri 1 Muara Badak Kabupaten Kutai Kartanegara Tahun Pelajaran 2010/2011. Pendirian SMK Negeri 1 Muara Badak merupakan langkah strategis Pemerintah Kabupaten Kutai Kartanegara dalam mewujudkan pemerataan akses pendidikan berkualitas di seluruh pelosok daerah dalam menunjang pelaksanaan program wajib belajar 12 tahun. Mengingat kondisi geografis Kabupaten Kutai Kartanegara yang sangat luas dan beragam, mulai dari wilayah pedalaman, aliran sungai, hingga kawasan pesisir, kehadiran sekolah ini menjadi solusi nyata untuk meminimalkan kesenjangan pendidikan bagi masyarakat di wilayah pesisir Muara Badak. 

Melalui penyediaan sarana pendidikan kejuruan yang dekat dengan domisili murid, sekolah ini bertujuan untuk memastikan bahwa setiap anak bangsa di wilayah tersebut memiliki kesempatan yang sama untuk mengembangkan potensi diri, menguasai keterampilan teknis yang relevan dengan kebutuhan industri lokal, dan meningkatkan taraf hidup tanpa terkendala oleh hambatan jarak maupun aksesibilitas wilayah.

Sebagai respon terhadap kekayaan sumber daya alam di pesisir Kutai Kartanegara, SMK Negeri 1 Muara Badak mengintegrasikan kompetensi keahliannya dengan sektor-sektor strategis yang mendominasi wilayah ini, seperti industri minyak dan gas (migas), perikanan, serta manufaktur alat berat. Maka pada awal pendiriannya, program keahlian yang dibuka adalah Teknik Kendaraan Ringan, Teknik Alat Berat, dan Teknik Pengelasan. Selain itu, dengan memaksimalkan potensi kelautan dan hilirisasi industri rumput laut di Kecamatan Muara Badak, keberadaan sekolah ini tidak hanya berfungsi sebagai lembaga pendidikan, tetapi juga sebagai motor penggerak ekonomi kerakyatan yang mampu mengubah tantangan geografis menjadi keunggulan kompetitif bagi generasi muda lokal. Oleh karenanya, pada Tahun 2020 sekolah ini membuka keahlian baru pada bidang seni dan ekonomi kreatif yaitu konsentrasi keahlian Desain Komunikasi Visual.